Κατά τους επικριτές, που καταγράφονται στον χώρο κάποιων ΜΜΕ, Τσάμηδων πολιτικών, αλλά και του πανεπιστημίου, το περιεχόμενό τους, αποτέλεσμα ακαδημαϊκής έρευνας, ξεφεύγει από τα όρια των "εθνικών γραμμών", και ως εκ τούτου ο δημιουργός, καθηγητής του τμήματος και δημοσιογράφος κ. Παναγιώτης Μπάρκας, πρέπει να διωχθεί, ακόμα και ποινικά...
Οι αντιδράσεις εκφράζονται με χυδαίες ύβρεις και απειλές κατά της ζωής του κ. Μπαρκα, γεγονός που προκαλεί αντιδράσεις τόσο στους κόλπους της ελληνικής μειονότητας στην Αλβανία, όσο και στην Αθήνα. Σε ανακοίνωσή της, η μειονοτική οργάνωση "ΟΜΟΝΟΙΑ" κάνει λόγο για "οργανωμένη επίθεση κατά του ανώτατου δημοσίου εκπαιδευτικού ιδρύματος της Ελληνικής Μειονότητας στην Αλβανία", "διαστρέβλωση των αληθειών των ντοκιμαντέρ" καθώς επίσης και για "αρρωστημένο εθνικισμό".
Ταυτόχρονα, η ελληνική διπλωματική αποστολή στα Τίρανα και το Αργυρόκαστρο προέβη, κατόπιν εντολής του ΥΠΕΞ κ.Νίκου Κοτζιά, στις προβλεπόμενες ενέργειες για να εκφράσει αρμοδίως το ενδιαφέρον και τις ανησυχίες της Αθήνας για τις επιθέσεις εναντίον του καθηγητή κ. Μπάρκα που μπορεί να οδηγήσουν στη στοχοποίησή του.
Όσον αφορά στα ντοκιμαντέρ, το ένα εξ αυτών, υπό τον τίτλο "Ήπειρος, ο μύθος στην πραγματικότητα", αφορά στον διαχρονικό πολιτισμό της Ηπείρου με επίκεντρο το αρχαίο θέατρο και το μαντείο της Δωδώνης. Το άλλο, "οι ήρωες πολεμούν σαν Έλληνες", είναι ένα αφιέρωμα στη νίκη των Ελλήνων στον πόλεμο εναντίον των Ιταλών το 1940, που αποτέλεσε και την πρώτη αντιφασιστική νίκη των λαών, στην εμπόλεμη Ευρώπη. Στηρίζεται μάλιστα εξ ολοκλήρου σε στοιχεία που ο ερευνητής άντλησε από τα αλβανικά, ιταλικά και ελληνικά αρχεία.
Ο πρύτανης του πανεπιστημίου του Αργυρόκαστρου κ. Γκρζίμ Σάλια, χαρακτήρισε αντιαλβανικού περιεχομένου και αντίθετα με το νόμο" τα ντοκιμαντέρ υποστηρίζοντας πως "ξεφεύγουν από την εθνική γραμμή" και γι' αυτό "οι αρμόδιοι θα απαντήσουν με βάση το νόμο". Ο αντιπρόεδρος του αλβανικού κοινοβουλίου και πρόεδρος του κόμματος των Τσάμηδων κ. Εσκντίμ Ιντρίζι ζήτησε την ποινική δίωξη του κ. Μπάρκα ισχυριζόμενος ότι τα ντοκιμαντέρ "υποδαυλίζουν εθνικά μίση".
Ο ίδιος ο κ. Μπάρκας δηλώνει πως "η εθνικιστική επίθεση κατά του Τμήματος Ελληνικών Σπουδών γίνεται από κύκλους, τους οποίους ενοχλεί ιδιαίτερα η αντικειμενική αλήθεια και δεν μπορούν να σεβαστούν τη διαφορετική άποψη και το δικαίωμα ελεύθερου ακαδημαϊκού λόγου". Όπως καταγγέλλει, οι επιθέσεις αυτές μέσω έντυπων και ηλεκτρονικών ΜΜΕ έχουν ωθήσει πολλούς αλβανούς εξτρεμιστές εθνικιστές σε απειλές κατά την σωματικής τους ακεραιότητας. Για τον λόγο αυτό, μιλώντας σε αλβανικό τηλεοπτικό κανάλι, ανέφερε πως είναι αναγκασμένος να προσφύγει στα αρμόδια όργανα για προστασία από τις απειλές.
